« Faire de la bio-informatique me correspond bien : une partie du temps derrière un ordinateur à écrire des programmes, et le reste dans mon laboratoire à faire des manips ! »

Les chercheurs

Marie Petitjean

Université de Franche Comté
Informatique

Évolution d’une bactérie dans un hôpital

Marie PETITJEAN est chercheuse en bio-informatique au laboratoire d’Hygiène Hospitalière du CHRU* de Besançon.

*Centre Hospitalier Régional Universitaire

Les chercheurs de ce laboratoire travaillent sur les bactéries que l’on retrouve parfois chez des patients lors de leur séjour à l’hôpital. Marie étudie une
bactérie en particulier : Pseudomonas aeruginosa. Cette bactérie a été responsable d’une épidémie à l’hôpital de Besançon qui a duré 17 ans ! Marie essaye de comprendre comment cette épidémie est apparue, pourquoi elle a duré si longtemps et pourquoi, un jour, elle a disparu.

Pseudomonas aeruginosa est une bactérie responsable d’infections dans les hôpitaux. Elle touche surtout des personnes fragiles qui sont souvent déjà malades. À l’hôpital de Besançon, une épidémie est apparue en 1997. Cette bactérie a touché de nombreux patients pendant 17 ans, avant de disparaître en 2014. Pourquoi cette épidémie est-elle apparue ? Et surtout comment a-t-elle fait pour durer aussi longtemps ? Pourquoi a-t-elle disparu ? Autant de questions dont Marie cherche les réponses. Elle pense que la bactérie a dû se modifier au cours du temps, devenant ainsi résistante aux traitements utilisés pour la faire disparaître.

Afin de comprendre comment la bactérie s’est modifiée pendant l’épidémie, Marie va observer l’ADN de 55 bactéries ayant infecté des patients à différents moments au cours des 17 années. L’ADN représente toutes les informations des êtres vivants, comme par exemple la couleur des yeux ou des cheveux chez l’Homme. Chez les bactéries, des parties de l’ADN leur donnent des capacités comme pouvoir se déplacer ou encore devenir résistantes à un traitement antibactérien. En utilisant son ordinateur et de nombreux programmes informatiques, Marie va comparer les informations contenues dans l’ADN des bactéries pour comprendre comment il a été modifié. Est-ce que certaines parties se sont rajoutées ou ont été enlevées ? C’est ce que Marie va regarder. Ainsi, elle pourra comprendre ce qu’il s’est passé pendant 17 ans, et pourquoi la bactérie a disparu ! Le travail de Marie pourrait servir à mettre fin à d’autres épidémies de bactéries.

Objectifs
  • Analyser comment Pseudomonas aeruginosa a survécu pendant 17 ans dans l’hôpital de Besançon.
  • Comprendre pourquoi la bactérie a disparu de l’hôpital.
Ateliers